سید محمد موسوی خوئینیها دروس طلبگی را در خردسالی در قزوین آغاز کرد. در سال ۱۳۴۰ راهی قم شد و شاگرد افرادی چون مصطفی اعتمادیان، جعفر سبحانی، حسینعلی منتظری، محمدباقر سلطانی طباطبایی و محمدتقی طباطبایی نشست.
پیش از اقدام دانشجویان مسلمان پیرو خط امام در ۱۳ آبان ۱۳۵۸ برای حمله به لانه جاسوسی آمریکا، او به آنها اطمینان داد که امام خمینی با این اقدام مخالف نیست و در جریان گروگانگیری و اقامت دانشجویان در سفارت آمریکا واسطه آنان و امام خمینی و شخص محوری در تصمیمات آنان بود. به همین جهت به رهبر معنوی دانشجویان خط امام شهرت دارد. او همچنین نماینده امام خمینی در شورای سرپرستی صدا و سیما بود که پس از پیروزی بنی صدر در انتخابات ریاست جمهوری از این سمت استعفا داد و وارد مجلس شد. او در دوره اول مجلس نایب رئیس مجلس شد. سپس در سال ۱۳۶۴ از سوی امام خمینی به دادستانی کل کشور و عضویت در شورای عالی قضائی منصوب شد. در سال پایانی عمر امام خمینی نیز از سوی ایشان به عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی منصوب شد.
خوئینیها در دوران پس از امام (ره) برخلاف دهه اول جمهوری اسلامی پستهای چندان مهمی بر عهده نداشت. او در سال ۱۳۶۸ مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام را تأسیس کرد که تعدادی از فعالان دانشجویی دوران انقلاب و اصلاحطلبان دهه بعد در آن فعالیت میکردند. در سال ۱۳۶۹ در حالی که نماینده دوره اول مجلس خبرگان بود به همراه تعداد زیادی از دیگر اعضای مجمع روحانیون مبارز برای نمایندگی در دوره دوم مجلس خبرگان رهبری رد صلاحیت شد. در سال ۱۳۷۰ برای شرکت در انتخابات مجلس چهارم تأیید صلاحیت شد ولی در اعتراض به رد صلاحیتهای گسترده از کاندیداتوری انصراف داد. فعالیت مهم او تأسیس روزنامه سلام بود که انتقادات همفکران خوئینیها نسبت به سیاستهای هاشمی رفسنجانی را منعکس میکرد. روزنامه سلام در سال ۱۳۷۸ توقیف شد. در سال ۱۳۸۴در پی استعفای مهدی کروبی مجمع روحانیون مبارز خوئینیها را به عنوان دبیر مجمع برگزید. فردی که از زمان تسخیر لانه جاسوسی در اول دهه 60 پرچم رهبری گروه موسوم به خط امامی ها را در دست داشت، در دهه 70 اولین چرخشها را در افکار این جریان صورت میدهد. روزنامه سلام تحت مدیریت او محمل اصلی این بازنگری در سیاست ها و دیدگاه های انقلابی جریان چپ است و به باور بسیاری از ناظران سیاسی دو عامل عمده در تغییر نگرش او نسبت به حکومت و سیاست مؤثر بودهاند. اول مناصب کلیدی که دهه 60 در اختیار او بوده و بعد از رحلت امام از دست میدهد و دوم ناکامی طرحهایی که او و همقطارانش برای تسخیر جایگاه رهبری پس از امام در سر میپروراندند.
اما اینها تمام ماجرای زندگی موسوی خویینیها نیست. نشریات فرانسوی «لوموند» و «پاری ماچ» و هفته نامه انگلیسی «اکونومیست» در سالهای 1985 و 1986 گزارشهای تأمل برانگیزی از پیشینه موسوی خوئینیها (دبیرکل مجمع روحانیون مبارز) منشر نمودهاند. بخشی از این گزارشها در سال 1381 در کتابی به نام "شنود اشباح" منتشر گردید که سریعاً با واکنش تند وزارت ارشاد دولت اصلاحات خاتمی مواجه شده و پس از جمعآوری نسخههای کتاب مذکور از بازار، هیچگاه مجوز انتشار مجدد برای این کتاب صادر نشد. بنابراین گزارش در فصل "پاتریس لومومبا" ی این کتاب آمده است: از نشریه فرانسوی «پاری مارچ» - 28/06/1985 این مرد اسرارآمیز حجت الاسلام محمد موسوی خوئینیها» ست. مدتها تمام دستگاههای پلیس جهان پس از واقعه خونین مسجد اعظم مکه که منجر به مرگ صدها نفر در فاصله سالهای ۱۹۸۰-1979 شد در جستجوی او بودند. او حتی بدون این که پلیس فرانسه متوجه شود، سفر کوتاهی به پاریس انجام داد و در پاییز سال 1983 سه روز در سفارت ایران در پاریس اقامت کرد و هنگامی که پلیس متوجه حضور او شد به «بروکسل» گریخت . اشخاص وارد به امور کرملین، معتقدند که او یار «کا.گ.ب» در ایران و دوست قدیمی «حیدر علی اف» عضو دفتر سیاسی شوروی است.(«علی اف» اجداد ایرانی دارد و در گذشته 17 سال رئیس پلیس مخفی آذربایجان بوده است). دوستی آنها از دهه 1960 در مجارستان شروع شد. در آن زمان «آندروپف» سفیر شوروی در مجارستان بود و خوئینیهای جوان در بوداپست دانشجو بود و قبل از «لیسانسه» شدن به آلمان شرقی رفت و بالاخره لیسانس خود را در دانشگاه "پاتریس لومومبای موسکو" گرفت. خوئینیها در گذشته در اردوگاههای یمن جنوبی و جنوب لبنان آموزش دیده، و بیقید و شرط «جورج حبش» را تحسین میکند. در دهه 1970 اکثر سرویسهای اطلاعاتی، خبر از رفت و آمدهای او به بغداد و الجزیره، ژنو، مسکو، طرابلس، و وین میدادند. وی با ژنرال «پناهیان« کمونیست قدیمی که در سالهای 1944 تا 45 رئیس ستاد ارتش خلق جمهوری مهاباد بود نیز ملاقات داشت. خوئینیها که از سال 1975 در آلمان شرقی مستقر شده بود، تعلیمات خود را از «مارکوس ولف» ژنرال آلمان شرقی و رئیس سرویسهای مخفی برلین شرقی دریافت میداشت.
"محمدحسین صفار هرندی" وزیر سابق فرهنگ و ارشاد اسلامی در نشست مجمع جوامع اسلامی دانشجویان دانشگاههای سراسر کشور که تقریباً یک ماه پیش در دفتر این اتحادیه برگزار شده بود در سخنرانی خود در مورد موسوی خویینیها می گوید که: موسوی خوئینیها در یکی از کلاسهای درسش در یکی از واحدهای دانشگاه آزاد عنوان میکند که ولایت مطلقه فقیه اساساً مسئله قابل قبولی نیست و نمیشود آن را پذیرفت. از وی سوال میشود که شما که جزو گروه محوری بودید که در زمان امام کسانی را که نسبت به مسأله ولایت فقیه تشکیک عملی کرده بودند به ضدیت با اسلام متهم کرده و گفتید که ضد انقلاب و طرفدار اسلام آمریکایی هستید پس چطور این حرف را میزنید؟ وی اضافه کرد: موسوی خوئینیها گفته بود که من زمان امام(ره) هم ولایت مطلقه را قبول نداشتم اما از آن جایی که امام جاذبه فوقالعادهای داشت و ما نیز از شاگردان ایشان بودیم رویمان نمیشد که جلوی امام مخالفت کنیم اما حالا که این شرایط نیست، من میگویم که از ابتدا هم این مسأله را قبول نداشتهام.
چندی پیش نیز "حمیدرضا ترقی" عضو ارشد حزب موتله اسلامی در گفت و گو با ایرنا تاکید کرده بود که: با نگاهی به سوابق موسوی خویینیها طی سه دهه گذشته و نقش او در ترور شهید مطهری به دست گودرزی یکی از عناصر گروه فرقان و همچنین حرکات ایضایی موسوی خویینیها در روزنامه سلام و بروز حوادث 18 تیر جملگی نشان می دهد که او همیشه در قامت یک عنصر پشت پرده در صدد ایجاد کودتا و یا آشوب در جامعه اسلامی ایران بوده است. ترقی ادامه می دهد: موسوی خویینی ها حتی در اتخاذ مواضع و مبانی سیاسی و نظری خودش ثبات ندارد. وی در اوایل انقلاب با هدایت جوانان برای تسخیر لانه جاسوسی در قامت یک ضد امریکایی ظاهر شد. اما وی در حال حاضر با قرار گرفتن در جریان آشوب طلبانه رضایت و خشنودی آمریکاییها را فراهم کرده است که این خود نشان میدهد که او در تعیین خط مش سیاسی و نظری خودش نوسان دارد. ترقی گفت: میتوان از موسوی خویینیها به عنوان عنصر اصلی هدایت آشوبهای اخیر یاد کرد و معتقدم که محمد خاتمی، میرحسین موسوی و مهدی کروبی ازسوی موسوی خویینیها هدایت میشوند.
وی در پایان خاطر نشان کرد: بر همین اساس میطلبد که مسئولان به نقش موسوی خویینیها در تدارک کودتای مخملی توجه بیشتری داشته باشند.
بسیاری از اصلاحطلبانی که در دهه 70 باب تجدیدنظر در اصول نظام جمهوری اسلامی را گشودند، شاگردان بلافصل او بودند. در سیاست خارجی این نظریه که آمریکا دیگر دشمن نظام نیست برای نخستین بار در روزنامه «سلام» مطرح شد و حتی سردبیر روزنامه با هدایت خود خوئینیها باب دیدار و مذاکره با گروگان سال 1361 خط امامیها یعنی «باری روزن» را ترتیب داد. مباحث مربوط به مشروعیت نظام و تز کاهش اختیارات ولایت فقیه نیز اولین بار در همین جریده مطرح شد. موسوی خوئینیها جزو اولین نفراتی بود که نظارت استصوابی شورای نگهبان را به چالش کشید. بنابراین آنچه فرماندهی سپاه چندی پیش درباره اندیشههای ضد ولایت فقیه وی مطرح کرده، ریشه در عملکرد دو دهه اخیر دبیر مجمع روحانیون دارد؛ چنان که برخی اعضای این مجمع فاش کرده اند او از فردای رحلت امام علم مخالفت با رهبری را برافراشت و این طرح خویش را از طرق مختلف دنبال کرد؛ روزی در قالب ارایه نظریه شورایی کردن نظام رهبری، روزی دیگر در قالب محدود کردن رهبری به قانون اساسی و بالاخره امروز در چهارچوب اندیشه بازنگری در قانون اساسی و خارج کردن قوای سه گانه از حیطه اختیارات رهبری. پردههای جدید از تناقضات فکری تجدیدنظر در مبانی اندیشه حکومت اسلامی در دو سال اخیر در حالی از زبان موسوی خوئینیها مطرح شد که زمانی اولین مدافع نظام مطلقه فقیه بود و در دفاع از نظریه امام مبنی بر این که ولی فقیه واجد همه اختیارات شارع اسلامی است، بیشترین حملات را به چهرههای رقیبش انجام داده بود. در مرور کارنامه این لیدر اصلاحطلبان، اکنون فهرستی بلند از تناقضات پیش روی ما قرار دارد. در این جا فقط به چند مورد برجسته از این تناقضات اشاره میکنیم: او در بهمن 1387 رهنمود میدهد که باید اختیارات رهبری را محدود کرد. در نشستی دیگر میگوید نمیتوان بهخاطر مصالح نظام از مطالبات سیاسی خویش کوتاه آمد. راه دیگری جز اصلاح ساختار نظام باقی نمیماند و در دیدار با نامزدان اصلاحطلب توصیه میکند تغییر در قانون اساسی را دردستور کار قرار دهند. حال به نظراتی که وی در دیدار جمعی از یاران خویش قبل از حوادث پس از انتخابات بیان کرده نگاه کنیم، میگوید: «از نظر حضرت امام(ره) واجبترین مسئله این است که نظام حفظ شود تا کشور سرپا بماند. حفظ نظام از اوجب واجبات است، یعنی باید از برخی واجبات و محرمات (اگر لازم باشد) عبور کرد تا نظام حفظ شود.». او در دیدار زمستان 87 در حالی اصولگرایان را به عدول از اصول متهم میکند که در همان ملاقاتش با دانشجویان به صراحت اذعان میکند که: «در زیر چتر اصلاحات عدهای بودند که داعیه اصلاحطلبی داشتند اما اصلاحطلبی را با کنار گذاشتن دین ممکن میدانستند، عدهای میگویند لازم نیست دین را کنار گذاشت، اما نباید در سیاست دخالتش داد، عده دیگری میگویند داخل شدن دین در سیاست اشکالی ندارد، اما به این شکلی که امروزه اتفاق افتاده کار درستی نیست.
برخی هم کاملاً چارچوبها را قبول دارند اما به روشها ایراد دارند. در بین اصلاحطلبان هم افرادی بودند که آقای خاتمی با آنها نسبتی ندارد.». فصل دیگر این تناقضات را میتوان در نگاه خوئینیها به اندیشه های امام در سیاست خارجی جستوجو کرد. او در مقام لیدر گروه های خط امام بیشترین دفاع را از بحث قطع ارتباط با آمریکا کرد و هر گونه نرمش و مدارا با این قدرت را مساوی عدول از انقلاب و راه امام دانست. اما این بار در نشست خویش با دانشجویان دیدگاهی کاملاً متناقض با آن نطقهای دهه 60 خویش ارایه میکند و میگوید: «اما سؤال شما درباره برقراری ارتباط میان ایران و آمریکا. باید عرض کنم در یک نگاه منطقی و تحلیلی موضوع رابطه با آمریکا بهعنوان یک معضل بهحساب نمیآید. این مسأله توسط برخی افراد به یک مسأله بزرگ تبدیل شده است. نمیدانم چرا گاهی اوقات در این کشور موضوعات بهقدری پیچیده میشود که حل آن دردسر آفرین میشود. به هر صورت ما زمانی انقلاب کردیم و آمریکا با انقلاب ما مخالفت کرد و ما نیز متقابلاً پاسخ آن را دادیم اما نباید تا ابد با آمریکا در یک وضعیت ثابت ماند». اما دگردیسیهای مواضع سیاسی لیدر اصلاحطلبان تندرو به اینجا محدود نمیشود او پس از ترک مناصب حکومتی وقتی که به جرگه اپوزیسیون میپیوندند با گروههایی دست اتحاد میدهد که زمانی به دست خود او در دادستانی یا توسط همکاران امنیتیاش حذف شده بودند. او که زمانی بیشترین اعتراض را به گروه نهضت آزادی و بازرگان داشت، در دیدار با دانشجویان در تبرئه نخست وزیر دولت موقت سخن میگوید: «مهندس بازرگان معتقد بود که ساواک میتواند برای ما کار اطلاعاتی انجام دهد و ما میتوانیم از آنها برای اهداف خود استفاده کنیم. چنین اختلافی روز به روز شکاف ما را بیشتر میکرد، اما هیچ وقت مثل همین حالا کسی فکر نمیکرد که مهندس بازرگان و دوستانش در نهضت آزادی علاقهمند به شاه و وابستگی به آمریکا بودند». در روزنامه سلام و پس از آن در مشارکت شاگردان موسوی خوئینیها با رهنمود خود او باب تعامل با این جریان را باز میکنند و دست آخر او پای لیستهای انتخاباتی را امضا میکند که در آن نام اعضای ائتلاف موسوم به ملیمذهبیها در کنار همقطاران وی آمده است.
برای آنکه درجه تقابل و تعارض لیدر اصلاحطلبان با دولت و نظام اصولگرا را دریابیم، کافی است به رهنمودهای تشکیلاتی که او در دیدار با دانشجویان برای مبارزه با دولت احمدینژاد ارایه میکند، رجوع کنیم. با آنکه در این مرحله برخی از چهره های دوم خردادی طرح تعامل با دولت و نهادهای حاکمیت را ارایه میکنند، اما او مانیفست تغییر یا براندازی دولت نهم را ارایه میکند. در این مرحله نیز طرف سخن او شاخه جوانان مشارکت و طیف تندروی دانشجویی است، میگوید: «اگر وضعیتی که اکنون در آن قرار داریم ( دوره دولت نهم) متوقف شود، خودش کار بزرگی است». او در این دیدار، سیاهترین چهره را از دولت اصولگرا ارایه میکند که همین تصویر خود مجوز مبارزه همه جانبه است، مدعی میشود که دولت نهم بنیانها را ویران میکند.
سید محمد موسوی خوئینیها دبیر کل مجمع روحانیون مبارز، روز چهارشنبه یعنی 20 خرداد دقیقاً 2 روز قبل از برگزاری انتخابات درباره شائبه تقلب در انتخابات اطلاعیه مهمی صادر میکند: «اعتبار و آبروی نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران در چشم جهانیان در برگزاری انتخابات سالم و به دور از شائبه تخلف یا تقلب است. مشروعیت یا عدم مشروعیت نظام در نظر مردم در داخل و خارج، ارتباط مستقیم با میزان سلامت انتخابات دارد که تحت تاثیر کانونهای قدرت رسمی و حکومتی نباشد. اکنون که متاسفانه برگزارکنندگان انتخابات و ناظران منسوب به شورای نگهبان آشکارا و یا در نهان از حامیان رئیس جمهور فعلی هستند، به شدت نگرانی از عدم سلامت انتخابات در میان مردم گسترش یافته است؛ بویژه آنکه رفتارهای این مجموعه، خصوصا روسای آنان شبهه برانگیز است. اکنون در چنین شرایطی بر همگان لازم است به هر ترتیبی که می توانند و در حد توان و امکان خود، از آراء ملت صیانت کنند و برای حفظ سلامت انتخابات و جلوگیری از تخلفات و یا تقلب، با کمیته صیانت از آراء که از طرف دو کاندیدای محترم جریان اصلاحات تشکیل شده است، کمال همکاری را بنمایند. اقدامات کمیته صیانت از آراء وظیفه ملی و انقلابی است و در جهت پاسداری از اعتبار و آبروی نظام مقدس جمهوری اسلامی است. هرگونه کارشکنی بر سر راه این کمیته از سوی هرکس، دلیل روشنی بر نیات مشکوک کارشکنان است. با حضور پرشور در پای صندوقهای رای و با توکل بر خداوند، نقشه جریان مشکوک نقش بر آب خواهد شد.
نکته قابل تامل این است که او ابایی از این ندارد که در این دیدار رسمی، یارانش را از این طرح خویش آگاه سازد که طرح مبارزه میرحسین موسوی با دولت احمدینژاد را او طراحی و ارایه میکند. کافی است در اینباره حول این جمله او که همه رسانه های اصلاحطلب منتشر کرده اند، غور شود. ما انتظار داریم مهندس موسوی در درجه اول روند فعلی را متوقف کرده و در درجه بعد با استفاده از افرادی که دورش جمع میشوند چند قدمی بهسوی تسخیر موقعیت های جدید گام بردارد.
اما افشاگریهای تکاندهنده شخصیتهای مطرح اصلاحطلب در دادگاههای اخیر، همزمان با ایجاد موجی از ناهماهنگی، جهتگیری و برنامهریزیهای آتی، این جریان را دچار تزلزل کرده است. اختلاف میان بزرگان جبهه مذکور در جلسات خصوصی گویای این موضوع است. بر همین اساس اخیراً برخی از سران اصلاحطلب به بهانه ضیافت افطاری در منزل یکی از اعضای شاخص مجمع روحانیون مبارز به ارزیابی مسایل انتخابات و حوادث پس از آن پرداختهاند. در این جلسه مرد خاکستری اصلاحات که تاکنون کوشش کرده نقش خود را در رویدادهای اخیر از پشتپرده به روی سن نکشاند، با اشاره به برگزاری دادگاه رسیدگی به اغتشاشات اخیر، اظهار داشته است: با برگزاری چهارمین دادگاه معلوم شد، نظام قصد ندارد از مواضع خود در اینباره عقبنشینی کند و به نظر میرسد که امید اصلاحطلبان برای آزادی سریع متهمان با حضور آیتالله صادق لاریجانی در سمت ریاست قوه قضائیه سرابی بیش نیست. در این میهمانی که سران شناخته شده اصلاحات در آن حضور داشتهاند، برخی از حاضرین بر اینباور بودند که پخش مراسم دادگاه متهمین اغتشاشات اخیر از طریق رسانه ملی نه تنها موقعیت اصلاحطلبان را با تزلزلی مواجه نکرده، بلکه تأثیر عکس نیز داشته و باعث شده مردم به دیده تمسخر به این به موضوع بنگرند.
اما مرد خاکستری اصلاحات که حتی موسوی و خاتمی، رهبری وی را بر این جریان به خوبی پذیرفتهاند، این تصور را به کلی رد و عنوان کرد: باید این واقعیت را پذیرفت که اعترافات تأثیرات قابلتوجهی را در بین اقشار مردم گذاشتهاست و اینکه ما میگوییم دادگاهها نتیجه عکس داشته و مردم این اعترافات را باور ندارند، تنها به درد استفاده در بیانیهها و سخنرانیها میخورد. ما نباید این واقعیت را کتمان کنیم که این اعترافات ضربهای بسیار جدی به اصلاحطلبان زد به نحوی که من معتقدم ترمیم آن حالا حالاها امکان پذیر نیست.
وی تاکید کرد: انتشار اعترافات اصلاحطلبان باعث شد ما به عنوان افرادی ضدانقلاب، کودتاگر، برانداز و ضد دین به مردم معرفی شویم و به هر قیمتی شده نباید اجازه دهیم این اعترافات به شکل کنونی از رسانهها خصوصاً صدا و سیما پخش شود.
موسوی خوئینیها مردی که همواره ترجیح داده است در پشت صحنه ایفای نقش کند و سلوک سیاسی او به گونهای است که از آفتابی شدن در میدان سیاست احتراز میورزد، در نشست تشکل سیاسی اش در بررسی طرح «وحدت ملی» که از سوی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام مطرح شد، با تأکید بر اینکه به هاشمی اعتماد نداریم و وی به دنبال حفظ خود است، به اطرافیان و حاضرین در جلسه توصیه کرد از دادن هرگونه تضمین و تعهد در خصوص همراهی و همکاری یا حمایت از هاشمی خودداری کنند. مرد خاکستری اصلاحات اخیراً با ارائه تزهای جدید در حال بازسازی گروههای اصلاحطلب است.
با این حساب میتوان در مورد افرادی همچون موسوی خویینیها تنها به این جمله بسنده کرد:
"منافقین امروز، انقلابیون دیروز"